Hlavní předností či výhodou průtokových filtrů je jejich velikost. S velikostí filtrů souvisí i velikost filtrační plochy, která je pro správné fungování filtrační technologie nezbytná. Průtokový filtr jakožto mechanicko-biologická filtrace.
Cílem průtokových filtrů je zachycení co nejvíce vodních nečistot, krmiva, náletů, rybích exkrementů a bahna, které všechny mohou znamenat zhoršení kvality vody.
Základem funkčnosti průtokového filtru je biologická i mechanická složka filtrování. Biologická část průtokového filtru pomáhá s pomocí biologických mikroorganismů rozkládat škodlivé látky ve vodě. Děje se tak v různých separačních komorách, kde jsou např. pěnové materiály (filtrační houby) apod.
Průtoková filtrace musí být umístěna nad vodní hladinou v nejvyšším místě jezírka. Voda průtokovým filtrem proteká, čištěná voda vytéká samospádem zpět do jezírka po kaskádce, potůčkem apod.
Nevýhodou průtokových filtrů je někdy složitější zamaskování v zahradě oproti třeba tlakovým filtrům, které se do konceptu zahrady zamaskují velmi snadno.